1979年3月，江南区成立时，尚未建立政协组织。随着形势发展的需要，为更好地发挥城区、郊区统一战线的作用，1986年5月，市委决定，设立政协各区委员会机构。1987年7月，中共江南区委成立政协筹备委员会。1987年10月，政协江南区第一届委员会第一次会议召开，宣告城区政协组织正式成立。城区政协1993年前每届任期三年，从1993年起每届任期五年。20年来，城区政协政治协商、民主监督、参政议政向经常化、制度化推进。政协全体会议、常委会会议、主席会议、协商座谈会和专题调研、常委会视察等，成为政治协商、民主监督、参政议政的基本形式。

    历届城区政协委员由中国共产党、各民主党派、无党派人士、人民团体、各少数民族和各界的代表，香港特别行政区同胞、澳门特别行政区同胞、归国侨胞的代表以及特别邀请的人士组成，设若干界别，由各方民主协商产生。

    江南区六届政协委员138人，界别设置22个， 下设8个委员小组。根据工作情况，以委员小组或界别开展活动，活动有分有合，既调动了各界别参政议政的积极性，又发挥了委员小组整体作用。  江南区政协第一至第六届委员会全体会议期间（至2007年政协六届第二次全体会议止），共收到委员提案1291件，其中立案率占80%以上。

    政协江南区委员会设常务委员会主持会务。常务委员会由江南区政协委员会主席、副主席、秘书长、常务委员组成，其候选人从政协委员中产生，由参加政协江南区委员会的各党派团体、各族各界人士协商提名，经政协委员会全体会议选举产生。政协委员会主席主持常务委员会的工作，副主席、秘书长协助主席工作。主席、副主席、秘书长组成主席会议，处理常务委员会的重要日常工作。

    江南区政协六届委员会根据工作需要设立8个政协委员小组，在常务委员会和主席会议领导下，开展政协工作。政协江南区委员会设立办公室和综合专门委员会两个工作机构，办公室是负责政协日常性事务的工作机构；综合专门委员会是组织委员小组经常性开展活动的工作机构。办公室和专门委员会设主任、副主任各一人 。